Od 2006 r. Centrum Koordynacji Projektów Środowiskowych pełni funkcję jednej z Instytucji Wdrażających dla Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko (POIiŚ). Tym samym dysponuje środkami z funduszy europejskich przeznaczonymi na ochronę przyrody w ustalonym zakresie. O dofinansowanie swoich projektów mogą ubiegać się podmioty publiczne i prywatne, składając wniosek w otwartym konkursie.

W perspektywie finansowej UE 2007-2013 CKPŚ odpowiadało za wdrażanie V osi priorytetowej POIiŚ.

W perspektywie finansowej UE 2014-2020 CKPŚ jest odpowiedzialne za wdrażanie części działania 2.4 II osi priorytetowej POIiŚ.